Die Bürgerstiftung Potsdam wird durch den Vorstand vertreten. Insgesamt untersteht die Bürgerstiftung Potsdam der Stiftungsaufsicht des Landes Brandenburg im Innenministerium, die über die Einhaltung des Satzungszwecks wachen. Außerdem wird die Stiftung jährlich vom Finanzamt Potsdam geprüft.
Der ehrenamtlich tätige Vorstand führt die Stiftung nach Maßgabe der Satzung in eigener Verantwortung. Er hat dabei den Stiftungszweck so wirksam und nachhaltig wie möglich zu erfüllen.
Der Stiftungsrat kontrolliert den Vorstand. Die Stiftungssatzung ist dabei Maßstab der Dinge.
Das Kuratorium berät den Vorstand zu Schwerpunkten der Stiftungsarbeit, zum Jahresprogramm und zur Zusammenarbeit mit anderen Institutionen in Potsdam.